わいひら

メタキーワードは、重要でないというより、現在Googleは全くシグナルにしてないと思います。
僕個人としては、設定しなくても良いと思っています。
SimplicityのSEO機能に追加したのは、SEOプラグインにまだ残っていて、設定したい人もまだ結構おられるからだったりします。

重要なのは、「検索ユーザーが求めている答えが、コンテンツ内にあるか」だと思います。
検索ユーザーが答えを求めるときに検索するキーワードを、タイトルに含め、その答えとなる内容（できれば潜在的需要も満たす内容）が記事にしっかり書かれていることが重要かと思います。
ただ、詳しくは実際のキーワードがわからないと、ちょっと何とも言えない部分もあります。

通常はそれで初期化されます。
初期化されない原因は、実際のページと問題箇所を見てみないと、ちょっとわからないです。

今更ではありますが、僕も重複タイトルタグはGoogle Search Consoleに指摘されていますが、大した集客ページではないので、放置しています。
特に今回のような、リダイレクトのようなケースでは、どうせ同じページに訪問者が訪れることになるので、特に気にする必要もないのではないかと思います（リダイレクトは301だったので消えるのではと思いますが、Googleの仕様なのでハッキリとはわからないですけど）。
また、Wordpressの仕様でカテゴリページのURLが分散してしまっても、表示されるページは同じコンテンツのものなので、こちらもそんなに気にする必要もないような気がします。
全く違うコンテンツで、タイトルが同じであれば修正する必要はあると思いますが。

WordPressのおせっかいな404自動リダイレクトを止める ? Qiita
こちらの方法は、試してみられたのでしょうか？

よくわからないのですが、カテゴリページのURLのcategoryとスラッグの間にどんなワードを入れてもリンクが生きていることが判明しました。

これは僕も知りませんでした。
ちなみに、Simplicity以外のテーマでも同様の動作になるので、Wordpressの仕様のようです。

これを解決するには、以下のページの「canonicalタグ」に書かれているカスタマイズを行うと、そのうちGoogleに反映されてもしかしたら解決するかもしれません。
Simplicityで独自に変更したSEO施策
これを行うと、標準のカテゴリURLで正規化されるかと思います。
ただ、SEOのカスタマイズに失敗すると、逆効果になることもあるので、カスタマイザー自己責任になります。

ご確認＆ご報告ありがとうございます！

こちらのページ（http://ima-present.com/category/list/hinamatsuri）のパンくずリストを見ても、http://ima-present.com/category/hinamatsuriと同じなんですが、どのような手段で別URLを表示させているのでしょうか？

こちらのページ（http://ima-present.com/post-2203）は、http://ima-present.com/bag314にリダイレクトさせているだけのようなので、リダイレクト設定を解除すればよいかと思います。例えば、Redirectionプラグインを使用しているなら、「ツール→Redirection」で設定変更するとか。その他のプラグイン（もしくはカスタマイズ）だとちょっとわからないです。

デフォルト状態のテーマでは、#51355の方法で、ちゃんと重なって表示されるので、何かしらのCSS変更等のカスタマイズが影響しているのかもしれません。

そのプラグインは使ったことがないのですが、
メインは#main
サイドバーは#sidebar
とかで、いけるのではないかと思います。

あと、HTML要素のIDとかクラス名を確認するのであれば、デベロッパーツールなどを利用することをお勧めします。
WordPressテーマのCSSカスタマイズ向けChromeデベロッパーツールの使い方

それは、僕の変更し忘れですね。
後で修正しておきます。

僕の環境では問題なく動作しているようです。
これまでの経験から言って、そういった場合は、まずブラウザキャッシュを削除して試す、もしくは、違うブラウザ等で動作を試してみてください。
それでも動作しない場合は、プラグインが原因の可能性が高いです。全てのプラグインを停止してみてください。
動作不良時のガイドライン

この2点を試してみて、それでも動作しない場合、「ブラウザキャッシュやプラグインが原因ではない」という問題の切り分けができるので、とりあえず、上記のことを試してみてください。

hidekichiさんが書かれた方法でも、改善出来ない場合は、サイトの該当部分を見てみないと、何とも言えないかもしれません。

とりあえずは、エラーメッセージがわからないと、何とも言えないかもしれません。
カスタム投稿を利用している場合は、functions.phpの編集か、プラグインの利用をしていると思うのです、どのように作成しているのかも知る必要があるかもしれません。

ただ、functions.phpのカスタマイズや、プラグインを利用して起こる不具合は、初めての方はこちらを必ずお読みくださいにもあるように、サポート外となっています。
上記の情報がわかっても、必ず対応できるわけではないのでご了承ください。

僕も、PubSubHubbubは使っているので、見てみたら当環境でも時間がずれている模様。
今まで気づいていませんでした。

元のコードと見比べてみたところ、Simplicityのデフォルト動作では入ることのない以下のようなコードが含まれています。
class="external external_icon" rel="nofollow"
クラス名などで調べたら、External LinksというWordpressプラグインが原因ではないかと推測します。
プラグインを停止するか、設定を変更するかしてください。設定で取り除けない場合は別のプラグインにするか。
もし、そのプラグインが原因の場合は、テーマ側からは何ともできません（PHPコードをゴリゴリ書けば出来ないこともないと思うけどまた別な話になってくるので）。

青色なら、こんな感じで良いのではないでしょうか。

.article h3,
#comment-area h3,
#related-entries h3{
	font-size:23px;
	border-bottom: 3px solid blue;
}

カラーコードを使うならこんな感じとか。

.article h3,
#comment-area h3,
#related-entries h3{
	font-size:23px;
	border-bottom: 3px solid #0000ff;
}

３３６×２８０に広告を入れるのであれば、以下の案内通りに行ってください。
Simplicityテーマ内にGoogle AdSense広告を貼り付ける方法

[S]パソコン用ダブルレクタングルウィジェットは、本文上とか、本文中とか、本文下とかのウィジェットに設定する時に利用します。
Simplicityテーマ内にGoogle AdSense広告を貼り付ける方法

みなさんありがとうございます。
情報のおかげで、原因をかなり絞ることができました（もっと腕がよければもっと早くわかったのかもしれませんが；）。
まだ「どうして不定期に消えるのか？」ということはわかっていませんが、問題部分は何となく分かったような気がします。多分。おそらく。

僕的には、#51219とかSimplicity2.5.0d以降のアップデートで、おそらく修正されたのではないかと思っています。
https://wp-simplicity.com/downloads/downloads2/

hideさんも、よかったら、最新版にアップデートしてみていただければと思います。

ありがとうございます。
参考にさせていただこうと思います。

以降は、同じないないようなので、トピックを以下に統一させていただいて、当トピックはクローズさせていただこうと思います。
SEO設定に入力した内容が消えてしまう

「トップページ」の定義にもよるんですが、トップページというのが「フロントページの最初の1ページ目だけ」ということであれば、以下の手順で行うことができます。

1.Simplicityを2.5.0eにアップデート→ https://wp-simplicity.com/downloads/downloads2/
2.以下のコードを子テーマのfunctions.phpに追記する

function get_list_style(){
  if (is_front_page() && !is_paged()) {
    return 'large_cards';
  } else {
    return 'tile_thumb_3columns';
  }
}

mobile.cssのスタイルもちゃんと適用されています。
スタイルが反映されないのは、以下のスタイルが疲れているからです。

.entry h2 a {
    color: #4387e9;
    font-size: 1.2rem;
    font-weight: 700;
    line-height: 1.4;
}

これはおそらく、テーマカスタマイザーで書かれた部分だと思いますが、これ（もしくはテーマカスタマイザーで書かれた部分全部）をstyle.cssに移動してください。
テーマカスタマイザーで書かれたCSSは、おそらく後から読み込まれるので、mobile.cssの設定を上書きしてしまっています。
どうしても、テーマカスタマイザーで書く必要がある場合は、.entry h2 aより優先度の高いCSSセレクタをmobile.cssに書く必要があります。

それはおそらく、CSS内に全角スペースが含まれているからではないかと思います。
それがCSSの文法に反しています。
http://tsu-mu.com/wp-content/themes/simplicity2-child/style.css

/* ホバー時の設定 */
#navi ul li a:hover{
    color: #10aba6 !important;
　　　　　　　　background-color:white;
}

コードのインデントは、半角スペースかタブで行ってください。

WPPP　ver2.1.4 + Simplicity2 では 何かしら問題が起き、
WPPP　ver3.3.4 + Simplicity2 では 正常に表示される

こういった問題があるのは知りませんでした。
3年前といえば、Simplicityを作成する前なので、僕もそのバージョンは使ったことがないのかも。

とりあえず、古いバージョンで不具合があるということをだったので、同様の問い合わせがあれば、そのときこたえられればと思います。

ちなみに、僕の環境からも問題なく表示されているようです。

・SEO設定が消えててなおかつ未修正の記事：
https://my-turbulence.com/sizuoka-foods

この記事は、ディスクリプションは設定されているようなんですけど、その後修正等をされたのでしょうか？

lib/scripts.phpのsimplicity_scripts関数内で読み込んでいます。

#51160
#51148の記事の「SSLエラーチェック方法」項目にある、Firefoxの方法を利用すれば、問題のとなっている画像がすぐわかるかと思います。
僕が見た限りでは、サイドバーの管理人の画像、テーマカスタマイザーで設定している画像（ロゴとかトップに戻る画像）を再設定する必要があると思います。
というか、hidekichiさんがもう書かれていました。