わいひら

実際のページのURLを貼っていただいてよろしいでしょうか。

まとめていただいてありがとうございます。
たかだか、小さなサイズのテキスト情報の読み込みでサーバーが落ちるほどになるとまでは思っていませんでした;
ただ、落ちるのは決まって朝の4時なので、僕は寝ている時間なので長い間放置してました^^;

右側に余白ができるのは、このトップページでしょうか？
https://niiche-retire.com/
それとも他のページなのか。
僕のテスト環境からでは、余白が出ないようなので。
iPhoneで試さないとでないということでしょうか（持っていない^^;）。

投稿ページのカテゴリのコード例を書くとこんな感じです。

.post-meta .category a {
    margin-right: 10px;
}

.post-meta .category a:last-child {
    margin-right: 0;
}

.post-meta .category-separator {
    display: none;
}

simplicty2はデフォルトでタグの区切りが,になっていますが、

SimplicityというかWordpressデフォルトがそういった仕様です。

方法があるかないかで言えば、Wordpressのフックを利用して、カスタマイズすれば方法はあると思います。
ただ、Wordpressのコアファイルを調べる必要があり、サポート対象外のものにもあるように、どのくらい時間のかかるカスタマイズかわからないためクラウドソーシング等にご依頼いただければと思います。
https://wp-simplicity.com/reference/crowdsourcing-service/

再導入というか、子テーマをインストールして有効化して再設定すればよいかと思います。

AMPの関連コンテンツユニットは、Simplicityデフォルトの機能ではありません。
なので申し訳ないですが、サポート対象外のものにもあるように、外部ツール機能なので僕も詳しい仕様まではわかりません。
AdSenseのサポートフォーラム等で聞いてみると、詳しい人がおられるかもしれません。
https://productforums.google.com/forum/#!forum/AdSense-ja

Yahoo!に、「/?amp=1」をつけても問題なく表示されるように、言われるのクエリは、それに対応する処理が書かれていないと、普通に通常ページが表示されます。
https://www.yahoo.co.jp/?amp=1

AMPページがGoogleに認知されるには、ページのソースコードに「AMPがあるよ」的なタグが書かれていないと、反映されません。
AMPが無効になっていると、そのタグが出力されないので、GoogleはAMPページを認識しないようになっています。

こちらのテスト環境では問題なく動作しているようです。
なのでちょっと、実際のページを見てみないことには原因はわからないです。

表示されていないページのURLを提示していただければと思います。

サイトがhttps化されているのにロゴが以下のようにhttpで外部サイト画像扱いされているようです。
http://chang-taka.com/wp/wp-content/uploads/2018/03/logo2.png

Simplicityでは、外部サイトの画像サイズは取得しない仕様（外部サイトから画像をダウンロード取得してサイズを取得すると時間がかかる）なので300×300が勝手に当てはめられているようです。

ロゴ画像を、再設定するかして、httpsで始まるURLにしてみてください。

ご確認ありがとうございます！

ただ以下の場所は、Wordpressのコアファイル部分なので、ちょっとわからないです。
/wp-includes/link-template.php

テーマ内での警告なら、わかるとは思うのですが。
こちらのローカル環境で、404ページを出しても、同様の警告が出ないので、警告の再現方法が分からないと、ちょっと何ともできないかもしれません。

どのように除外しているのか、場外入力ボックスに入っているテキストをそのまま貼り付けてもらってよろしいでしょうか？

すいません、サイトのURLを見逃していました；
サーバーはエックスサーバーのようですね。
エックスサーバーでそのような警告メッセージが出るのなら、でないように修正しておこうと思います。

ご報告ありがとうございます！
完全に不具合です。
僕が以前テストしていたものを、消し忘れていたようです。
手元のファイルは修正したので、次のバージョンで改善されると思います。

ちょっと書き込みだけではどういった設定になっているかが正確にわからないので何とも言えないです。
案内にもあるように、できれば不具合ページのURLを提示していただけると助かります。

※動作不良に関する質問は、不具合の出ているページのURLを掲載してください。

試してはいないですけど、正規表現部分は、こんな感じではないかと思います。
$h2 = ‘/^<h2.*?>.*?<\/h2>$/im’;//H2見出しのパターン
+ではなく*にしています。

ただ、うまくいかなかったとしても、サポート対象外のものにもあるように、こちら側でカスタマイズ環境を用意して、テストするといったようなサポートまではできませんのでご了承ください。

こちらの子テーマには入っているようですが、入っていなかったですか？
https://wp-simplicity.com/downloads/child-theme2/

FTPで確認してもないようであれば、作成するしかないかもしれません。
今現在の子テーマfunctions.phpのコードはこちらです。

<?php //子テーマ用関数

//親skins の取得有無の設定
function include_parent_skins(){
  return true; //親skinsを含める場合はtrue、含めない場合はfalse
}

//子テーマ用のビジュアルエディタースタイルを適用
add_editor_style();

//以下にSimplicity子テーマ用の関数を書く

子テーマのfunctions.phpに以下のコードを貼りつければ、こちらのタグ表示バージョンがオーバーロードで適用されると思います。

function is_noindex_page(){
  return (is_archive() && !is_category()) || //アーカイブページはインデックスに含めない
  //is_tag() || //タグページをインデックスしたい場合はこの行を削除
  ( is_paged() && is_paged_category_page_noindex() )  || //ページの2ページ目以降はインデックスに含めない（似たような内容の薄いコンテンツの除外）
  is_search() || //検索結果ページはインデックスに含めない
  is_404() || //404ページはインデックスに含めない
  is_attachment(); //添付ファイルページも含めない
}

問題箇所を見ないで想像上でこたえるには、これ以上のことはちょっとわからないです。
できれば案内にもあるようにURLを提示していただけたら何か分るかもしれません（わからない可能性もあります）。

※動作不良に関する質問は、不具合の出ているページのURLを掲載してください。

今のところ、CFiltering以上の方法は思いつかないです。

ここら辺あたりのことをやれば実装できるかと思います。
https://shumist.com/simplicity-stork-customize-5/

ちょっと、このフォーラムに書けるような簡単なものではないような気がします。
僕も今のところパッと実装方法は思いつかないです。
ブロック要素を3つ作って、背景にまわして…みたいに思うのですけど、実際やってみてうまくいくのかどうか謎です。
なので、サポート対象外のものにもあるように、プロの方にご依頼するのが最も手っ取り早いのかもしれません。

紛らわしい書き方で申しわけありません。かうたっくさんが書かれているように、サイトアドレスでOKです。