もしかしたらうちのcloud9上だけの問題かも知れないんですけれども、functions.phpの function get_skins_js_local_dir(){ 部分で返ってくる値がscript.phpでfalseになっているようです。
remove_protocol() がスキームを取れてないのかなぁと思ったりもしたんですが、ごにょごにょいじってreturn部分でスキームを取ったら、script.phpの該当部分でtrueになるようです。
javascript.jsのアドレス自体は問題ないので、file_exists( get_skins_js_local_dir() ) のtrue/falseあたりの問題だけではなかろうかと思います。
2.1.5辺りの時は、特に何もせずにスキンフォルダ内のjavascript.jsが読めていたように思うので、何かしらの変更で変わったのかなぁと思ったりしてます。