親テーマのサイズオーバーでアップロードができないというのはちょっと前からうちのcloud9でもありました。
cloud9はphp.iniが編集できるため、
upload_max_filesize = 10M
にすれば問題はでないですが、デフォルト2Mの場合問題が出るかと思います。
2.4.0zipが1.9 MB (1,948,720 bytes)
—- ギリギリボーダー?
2.4.3a.zipが2.0 MB (1,968,982 bytes)
2.4.7.zipが2.0 MB (1,974,281 bytes)
ここら(ギリギリボーダー?)から制限に引っかかるかも。
cssの整理とmasonryとかwordpressに含まれるものを削除、htmlの整理などしていけば2M以内に収めるのはそんなに大変ではないかもと思います。