GoogleにインデックスされるURL表記の問題について

がちょぴんさんありがとうございます。僕も同意見です。
このサイトのトップページにもある「リッチスニペットを用いたパンくずリスト」というのはそういうふうになる機能ということです。
Googleにサイトのカテゴリー構造を伝えることによって、カテゴリに関連したキーワード検索の場合、上位表示される確率が多少は高まると思っています。
僕は、現在のところパンくずリストがある方がSEO的にも有利と考えているので、非表示にする機能とかをつける予定はないです。

詳しくは以下を読んでください。
Simplicityが内部SEO最適化のために行っている7つのこと

どうしても表示させたくない場合は、breadcrumbs.phpを子テーマにコピーして、中身をすべて削除すればよいかと思います。

URL表示の方がユーザーの利便性が上がるのであれば、Googleは取り入れてないと思います。
リーチスニペット用いた構造化は、少なくともGoogleがヘルプまで作って推奨している方法ではあります。
リッチ スニペットと構造化データについて – ウェブマスター ツール ヘルプ
Google が掲げる 10 の事実の一番目にユーザーの利便性があるように、Googleはまず第一にユーザーの利便性を掲げています。

ただ、もちろん僕がそう思っているだけであって、個人の考えを否定するものではありません。
僕の方が効果がないものを実装しているのかもしれません。
そういうときのためにSimplicityでは、個人の考えを実践する仕組みとして、カスタマイズ用の子テーマが、あらかじめ用意されています。
ですので、思い通りのカスタマイズでやりたいことを実践してみてください。

返信に気づきませんでした；
遅くなりましたが、気分とかは全然害してないので大丈夫ですよ。
こむぎさんのおっしゃりたいこともわかるので。
慣れなどの問題もあるので、どちらが合っているとか間違っているところではないような気がします。
今回はたまたま、自分で作っているテーマだったので自分の考えが色濃く反映されたテーマになっているというだけのことだと思います。