管理画面上で行う設定科目のない物が欲しいです

> すべて排除したテーマ

全て排除したらテーマとして機能しないので、そういう場合は、
HTML5ベースのブランクWordPress無料テーマ9選
みたいなテーマを使って1からテーマを自作するほうが手っ取り早いです。必要ならSimplicityのcssを流用すればよいですし。ただ、cssというのはhtmlの構造も合わせる必要があります。
プロパティだけならそのまんま使えますが。

必要な機能があればSimplicityから流用すればよいですし、他のテーマのものを使っても良いと思います。1から全部自力で解決するのはなかなか大変でしょうし、他のサイトの情報を使うのとSimplicityから使うのに大差はないです。
自分が良いと思うものを1から作るのが最も良いです。

Simplicityはそれらができない人に向けてそれら環境を提供しているだけなので、自分でできるならそれが一番良いです。

Simplicityの不要と思われる機能はその多くが子テーマfunctions.phpで解除できると思うので、不要と思われるものが何なのかがわかればどうしたら解除できるは答えられるかも知れません。
親テーマ側で解除できるように書いていない場合は親テーマの方をいじらないとできませんけどね。

公式ディレクトリのやつを使ってはどうでしょうか?
理由はこちらにあります
simplicityのような機能はないはずです

カスタマイザからSimplicityの設定を除去する

add_action('init', create_function('', <<< EOT
	remove_action( "customize_register", "theme_customize_register" );
EOT
));

Simplicityの設定をプログラムで指定する

add_filter('theme_mod_設定名', create_function('$default', <<< EOT
	return 設定値;
EOT
));

例：

add_filter('theme_mod_list_style', create_function('$default', <<< EOT
	return "large_cards";
EOT
));

設定名はget_theme_modで検索して探します。

希望されているものかどうかはわかりませんが、参考程度に

皆様大変貴重な情報ありがとございます。
凄く勉強になります。
わいひら様へ
最高のテーマ使わさせて頂いている身分で勝手なご要望申し訳ないです。
もし今後新しいヴァージョンを作る時にでも余裕があれば脳裏でも置いていただいてるだけで結構です。

Hidekichi様へ
自作テーマはハードルが高すぎです。
simplicityは何と言っても
わいひらさんとHidekichiさんを筆頭にいろんな方々からのサポートが凄く充実しているので今後もsimplicityを使って行きたいと思っています。
以後Hidekichiさんの教えてくれたやり方でまた教えて頂くことがあると思いますので
その時は何卒よろしくお願いします。