可能か不可能かで言えば可能です。
みきさんも書いておられるようにキャッシュプラグインとかもやっていることなので。
ただ、僕はテーマ側からはやりたくないと思っています。
というのも、.htaccessファイルの編集に失敗すると、最悪、サイトが全く動作しなくなります。
.htaccessファイルをいじって、重大な不具合を出した場合(不具合を出すつもりはないけど出した場合)、ユーザーさんに多大な迷惑をかけてしまう恐れがあります(実際キャッシュプラグインなどではそういった事例もある)。
なので、そういった重要なファイルの更新は、運営者自らの責任による編集、もしくは専用のプラグインに任せたいと現状は考えています。