通常は、wordpressでカスタムリンクを設定すればそれが反映されるはずですが、そうならないというのにはいくつか理由があって、.htaccessが作れないサーバーであるというのも一つですし、.htaccessのパーミッションの設定で、中身を書き変えられないというのもあったりします。
あるいはサーバーで.htaccess自体が独自に作れないとか、色々と制限があるサーバーもあります。ここらがどうなっているかによってデフォルトのパーマリンクの設定しか使えない場合もありますので、どこのサーバーを利用されていて、パーミッションの状態はどうなっていて、wordpressではどう設定したなどの情報が必要になるかと思います。
ワンクリックインストールとかでwordpressが利用できるサーバーだったら特にそのあたりは問題ないかと思いますが、単純にPHPとデータベースが利用できますというだけのサーバーなら仕様がちょっと怪しい場合もあるかも知れません。
すでにやられているとは思いますが「Wordpress パーマリンク設定」で検索すると色々と出てくると思うので自分が利用しているサーバー名も加えて、他の方がどういう設定をされているのかを調べてみるのも良いかも知れませんね。