テーマフォルダ直下以外のファイルを子テーマで弄るにはどうしたら良いのでしょうか？

親テーマのcssフォルダ内のthred.cssを編集したくて、子テーマのルート直下にもCSSフォルダを作ってその中に編集したthred.cssを入れてみました。
CSSは、phpファイルのように子テーマでの上書き機能はありません。
わざわざファイルを作らなくても、子テーマのstyle.cssでスタイルの上書きをすれば良いだけかと思います。
親テーマのスタイルをなかったことにするには、書かれているスタイルを打ち消すCSSを書くしかないです。
CSSの初期値は以下になります。
CSS初期値一覧なチートシート – Qiita
デフォルトCSS一覧（たまちゃんHTMLのおうち）

テーマフォルダ直下にないPHPテンプレートも上書きすることはできません。
けれど、lib内にあるのは、テンプレートファイルではなく、関数のライブラリになります。
関数を上書きするには、関数をオーバーライドして新たな関数を定義してください。
例えば、lib/ad.phpのget_h2_included_in_body関数を変更したいと思えば、子テーマのfunctions.phpに以下のように記述して、関数を書き換えてください。

function get_h2_included_in_body( $the_content ){
  if ( preg_match( H2_REG, $the_content, $h2results )) {//H2見出しが本文中にあるかどうか
    return $h2results[0];
  }
}

詳しくは「function_exists オーバーライド」で検索して出てくる結果をいくつか読んで、概要をつかんでください。