サンプル: サイトタイトルのアドレスを書き換える | jsFiddle
こんな感じでjQueryを書けばできます。javascript.jsにまんまjs欄を追記して下さい。
もし、マウスオーバーした時に何かしらタイトルを表示させたいのであれば、
$("#site-title a").attr({
"href": mainPage,
"target": "_blank",
"title": "表示させたいテキスト"
});
とすればできます。
意味合い的には、#site-titleの子要素のaタグの属性を、hrefはmainPageで設定した値、targetは別ウィンドウで、titleはマウスオーバーの時に表示させるテキストと変更するということです。
<div id="site-title">
<a href="mainPageの値" target="_blank" title="表示させたいテキスト">
<img src="ロゴ画像パス">
</a>
</div>
こんな感じのhtmlになります。