親テーマの header.php を子テーマにコピペし、子テーマに設置した header.php の 1 番下の 85 行目(2019 年 9 月 22 日時点)の変更でご希望のカスタマイズができます。
https://github.com/yhira/simplicity2/blob/master/header.php#L85
※PHP の条件分岐を使う必要があります。
ただ、ご提示の例のような CSS のために、id を変更する必要はありません。というのも、body タグにページ固有の class が付くためです。
例えば、トップページの body タグには、固有の class 名の home が付きます。 この home を使えば、トップページのみに適用する CSS を書けます。
.home #main {
padding: 0;
}
※投稿ページの固有の class は、single や single-post などです(class に home は付かない)。なので、 ↑ の CSS は投稿ページに適用されない。