アップデートは上書きインストールなので、そのため、後からのカスタマイズの情報が無くならないよう子テーマが用意されているわけです。と言ってもwordpressのテーマはたいていzipファイルで配信されてますから、そうなるのはしょうがない所です。
これはSimplicityに限ったことではなく、現在主流のほとんどのwordpressテーマがそうだと思います。むしろ「子テーマがないテーマってw」ぐらいの感じです。公式のテーマですらそうですから。
wordpress日本公式の子テーマのページは2010年に最初に作成されています。それぐらい前からあるWordpressの基本的な機能の一つが子テーマなのです。
もし別のテーマを利用される場合でも、システム的には同じことだろうと思うので次からは注意されるようにしてください。
またわかりにくくはありますが、Simplicityの子テーマをインストールする方法では、
このように設定することで、Simplicityバージョンアップ時にもカスタマイズファイルは失うこともなくバージョンアップができます。
このようにも書かれています。
まるさんがどういうカスタマイズをされていたのかはわかりませんが、FTPでアップロードとかをされている場合はローカルにカスタマイズした前のファイルが残っているのではありませんか?