Jqueryのスクリプトが動作しないのですが

コードをコピペして以下のようにentry-body.php内に貼り付けてみたのですが．動作はするようですよ。
とりあえず、jQueryが動作してないということないと思います。
何かJavaScript関係を縮小したり、呼び出し位置を変更したり．何かいじるプラグインは入っていないでしょうか？

<script>
jQuery(function(){
	var idcount = 1;
	var toc = '';
	var currentlevel = 0;
	jQuery("h3:header",this).each(function(){
		this.id = "chapter-" + idcount;
		idcount++;
		var level = 0;
		if(this.nodeName.toLowerCase() == "h3") {
			level = 1;
		} else if(this.nodeName.toLowerCase() == "h4") {
			level = 2;
		}
		while(currentlevel < level) {
			toc += '<ol class="chapter">';
			currentlevel++;
		}
		while(currentlevel > level) {
			toc += "<\/ol>";
			currentlevel--;
		}
		toc += '<li><a href="#' + this.id + '">' + jQuery(this).html() + "<\/a><\/li>\n";

	});
	while(currentlevel > 0) {
		toc += "<\/ol>";
		currentlevel--;
	}
	jQuery("#toc").html(toc);
});
</script>
    
    <div id="toc"></div>

しかし、ヘッダー内や外部読み込みとした場合に動作していないようです。
これはなぜでしょうか？

僕は、JavaScriptの動作にそこまで詳しくないので原因まではわからないです。けれど、テーマのせいではないと思います。

ただ、外部ファイルのjavascript.jsに以下のように入力するとちゃんと表示されるので、外部ファイルのJavaScriptは動作しているようです。

jQuery(function(){
  jQuery("#toc").html('toc');
});

あと、コードを追ってまでの動作確認はしていないですけど、以下の部分を

jQuery("h3:header",this).each(function(){

次のように書き換えたら、表示はされるようです。

jQuery("h3",this).each(function(){

これはヘッダー内に書いてもということでしょうか？

外部ファイル（javascript.js）に書いてもということです。

ありがとうございます！
テーマを入れなおしたら動作するなんてこともあるんですね。
JavaScriptはやっぱ奥が深いというか．難しいというか、苦手というか。
けど、問題が解決してよかったです！