グーグルに6記事中4記事も2日間経ってもインデックスされない!
ということは、全くインデックスされないわけではないので、テーマ側のコードが原因ということは考えにくいです。
また、自分のサイトでは、今のところそういった症状を確認していないです。
また、2.5.8から2.6.0.9までの間で、インデックスに影響するような変更を加えてもないと思います。
もし、今後もおかしな状態が続くようでしたら、申し訳ないですがサイトのURLを掲載してソースコードから設定状態を見せていただければ幸いです。
※動作不良に関する質問は、不具合の出ているページのURLを掲載してください。