リストを人気記事順にすると、最新記事が後ろに回って埋もれてしまうので記事の新鮮さが無くなるのではなかろうかと思います。
なので、インデックスリスト上などに人気記事をウィジェットで入れてcssで2列にするとか、ここらのデザインは他と別にしたほうが良いかも知れませんが、サイドバーの最新・人気記事との兼ね合いを考えて構成するのが良いのでは?と思います。もちろんメニューなどをどう構成しているかにも依ります。
そもそもそんなにトップページ自体にアクセスはありますか?
トップページにアクセスが集中してそこから他の記事に行くような場面が多ければトップページを凝る必要があるとは思うんですけれども、記事に直接アクセスしている傾向なら、記事が表示されている画面から色々な手段で他のページにアクセスできるようにするほうが良いかと思います。
サイドバーとかはそのためにあるようなもんですから、トップページから他ページに行儀よくアクセスする傾向が高いなら1カラムのほうが読みやすいわけですしね。
サイトの構成とアクセスの傾向にによりけりですが、ユーザーがどこからサイトに来ているかをしばらくチェックしてみるのが良いかも知れませんね。