#body-inと、#main、#sidebarの各widthのサイズ、floatやpositionの設定、確認されたブラウザと全画面で見た時はどうか、またhead部分のviewportの設定等、原因を判断すべき情報がないのでここらを公開してください。
手っ取り早いのはサイトを公開してもらうことですが、少なくともここらの情報がないと判断ができません。またここらの情報だけでは判断できない場合もあります。
例えば、レスポンシブ関係のcssが読めていない、cssのどこかに;が抜けていたり、全角が入っていてそれ以降がキャンセルされている場合もあります。
プラグイン等で問題が出る可能性も低いですが無きにしもあらずです。
上記のようなcssの問題点も含めてautoptimizeのようなcssをまとめてしまうような機能のプラグインがある場合に全体含めて問題がでている可能性もあったりするかも知れません。