本文の最後にコードを追記したいのですが、どのファイルのどこにいれればいいのでしょうか？

小テーマfunctions.phpに

function addなんちゃら($the_contnet) {
  if (条件) { 
    $test = $the_content;
    $test .= そのphpの処理;
    return $test;
  } else {
    return $the-content;
  } 
}
add_filter('the_content','addなんちゃら');

こんな感じですかね。
addなんちゃらは関数名で好きにつけて下さい。
ifの条件はどういう時にそうするかを書きます。is_singular()とか

で、まず$the_contentで記事の内容を読み込み、$testに入れます。$test .= で$the_contentにやりたい処理を連結します。

例えば、$the_contentの最後に「お読み頂きありがとうございました」とある場合は、

なんちゃらかんちゃら 〜
お読み頂きありがとうございました

記事はこんな感じになっているわけです。で「次回もこうご期待!!」と入れたい場合は、例えば
$insert = ‘次回もこうご期待!!’;
と予め内容を用意しておいて、

$test = $the_content; (お読み頂きありがとうございました)
$test .= $insert;

とすれば良いことになります。でreturnで$testを返す感じです。条件以外の時は、elseの内容が返ります。つまり「次回もこうご期待!!」が入っていない記事の内容が変えるわけです。

それをadd_filterでthe_contentの処理の時に実行させます。もちろん、上記で言う$insertの前後に後でcssでスタイルできるようにclass等を入れておくと便利です。

あ、余計なクォートの内容を書いてしまった。

＆amp;quot;は、" つまりshift + 7(あるいは2)です。