Simplicityのヘッダー部分に相互RSSを追加する場所が分からない

リンク先のサイトと同じようにしようと思えば、サイドバートップにウィジェット貼っつけて、そこに該当スクリプトをぶっこむと言う方法や、ウィジェットやめて、最初からサイドバーにスクリプトを追加すると言う方法で実現できます。

リンク先の記事にあるような、ヘッダ　タイトル下と言うとナビに当たる部分かと思うんですが、そこに入れるとヘッダがかなりボリュームアップしてしまうので、ナビ下でよければ、before-main.phpに該当のスクリプトを入れればよいのではないかと思います。
#mainの前に入るので、ナビ下と思ってもらっても良いのではないかと思います。

この位置は、例えばPCだとメインの記事とサイドバーの上の空間になるだろうと思うので、横幅は#body-inの幅になるでしょうか(1070pxだったかな)。

記事の上が良ければ(横幅は#mainの幅、サイドバーまでの部分640pxぐらい？)、ダッシュボード→ウィジェットから投稿本文上にスクリプトを入れればイケるんじゃなかろうかと思います。僕がよく見るブログはだいたい記事上に入ってます。
しかし、だいたいそういうのは邪魔なのでμblockで消してますけども（笑）

まぁ該当スクリプトを外部スクリプトにして、jQueryのajaxあたりで.getScript()を使えば、どこでも好きなところに読み込ませることはできると思いますが、どれが一番よいですかね？

わいひらさんのできないんじゃないかな？と言うのを受けて、ローカルで、スクリプトをぶっこんでみましたがイケました（笑）
やってみるもんですね。僕もイケないかなぁと思ってたんですけど、動いてしまいました。
cssは面倒なので適用してませんが、イケルっぽいです。
ちなみに挿入場所は、ウィジェットの投稿記事上です。