> あとアドセンスでレスポンスを選ぶと…
> Simplicity2では、ラージ モバイル バナーやバナー広告が表示されていました。
ここから察するにcssがオカシイかと思います。
アドセンスのスクリプトは、該当箇所の親要素のサイズを見て最適なサイズのバナーを表示しようと試みます。親要素のサイズがレクタングルのサイズよりもずいぶんと大きな場合はラージ モバイル バナーが選ばれるわけです。
アドセンス部分のスタイルに不備があるかも知れないのは否めませんが、アドセンス以外の要素が#main等の幅を押し広げているためそれにアドセンスの親要素が追従していると考えるのがスマートかと思います。
現にスクリーンショットを見ると左側より右側が狭くなってます。
#mainにはmargin: x auto;というような左右のマージンを自動で調整し中央に寄るようになっているかと思いますがそれがズレるということは何かしらが#mainを押し広げているか、view portの設定が固定値かぐらいしか思いつきません。
なぜなら、スマホの時に#mainのwidthは100%だからです。
どこに問題があるかはサイトを見ないとわかりませんが、再度何かしらが#mainからはみ出していないかを再確認する必要がありそうです。実際にサイトを見てないので想像ですけれども。