私も、1.9のバージョンを使用していて、All in one SEO packの投稿ごとのディスクリプションが反映されなかったのですが、
header-seo.phpにある、
<?php //投稿ページにMETAタグを挿入するとき
if ( is_singular() && is_meta_description_insert() ):?>
<meta name=”description” content=”<?php echo get_the_description(); ?>” />
<?php endif; ?>
を消去することで、SEOチェキ!ではAll in one SEO packのディスクリプションが投稿ごとに反映されました。
コメントアウト(<!– –>、/* */)では無理で、消去したらできました。
HTMLは全くの初心者なのでよくわかりませんが…。