こんにちは。
Simplicity、ありがたく使わせて頂いております。
例えば記事が2つあり、カテゴリがそれぞれA->B->C(*1)、A->B->D、(*2)とすると、
Bのカテゴリ一覧ページを表示したときのパンくずリストはA->Bとなるべきと思いますが、
*1が先頭の場合→パンくずリストはA->B->C
*2が先頭の場合→パンくずリストはA->B->D
となります。
breadcrumbs.php
の先頭、
$cat = get_the_category();
の場合は先頭の記事のカテゴリ情報を取ってくるようですので、例えばこれを
$cat = array(get_category($cat));
とすると期待するA->Bになりました(引数の$catはグローバル変数)。
ご確認頂けると幸いです。